地区的天灾并不比南方少，其对人口增长率的影响在南、北方应相差不大。只有溺婴这种现象，南方要比北方严重，这可能会导致南方的人口增长率比北方低一些，但绝不会低太多。上述学者对于南、北方人口增长率的考察，以及对南方人口增长率较低的估测，主要是根据官方的户口数字记录――特别是地方志中的户口数字――作出的。但是，由于南、北方社会经济状况和徭役佥派方式存在着巨大差异，两地的户口数字存在的问题和性质便有很大不同，因此，南、北方的人口增长率的差距或许并不像官方统计中反映的那样大。
明代有不少人曾对南北经济发展水平和赋役制度的巨大差异作出评论。如徐复祚指出：“淮以北，土无定亩，以一望为顷，故每多欺隐田粮；江以南，户无实丁，以系产为户，故多脱漏户丁。”葛守礼也指出：“大抵各省自有事宜，南方民稠地窄，众饶经营，非有力家，不能买田。北方地旷民稀，什九务农，承租占田，丰多不售。南方田无斥卤不毛，亩率值几金，甚一二十金，但有水利，岁可两三收几石，北地无论中下，其价其产，与南悬绝，即上地亦不能与之比埒，乌得从而加征乎南方丁差，一户每数十人，才出一丁应役，十年才轮当一差。北方丁丁著役，年年当差，甚至有死存门虚报籍者，力差苦累极矣，又可加差徭银于其包养之瘠薄地耶！”海盐县志·食货篇也曾指出：“户口隐漏，为当今宇内通弊，不独东南然也，乃东南隐漏独多”，因为“江北之以丁定差者，今尚有真户籍，江南之以田当差者，全无实口数，弊之所为独甚也。”这些评论表明，明朝时，南北方都有欺隐田粮和丁口的现象，但欺隐的重点却大为不同。总体而言，北方由于“地广人稀”、“田土甚宽”，隐瞒田粮的现象比较严重，丁口不但基本上都被登入官方册籍，不少地方还存在着伪增丁口现象。如陕西巩昌府由于“官避耗减之名，而开除不列”，以致安定县在籍之丁2200人，实在之丁只有400人，通渭县在籍之丁1600人，实在之丁只有600人。兖州府志记载万历二十年（1592年）汶上县有42657户，107806口，而万历二十二年（1594年）的须知文册里却记载有12737户，87782口，据解释这是因为“均审攒造之册，要未足据，因存旧额云”。嘉靖兰阳县志的纂修者李希程曾就户口增长情况解释说，“户口渐增，由分户所致，非实增也”。宛平县令沈榜也指出，历届知县审编的丁数，“率多逃绝不堪，名存实亡”。而在人稠地狭的南方，从洪武时期开始，对人口的调查和登记就不如北方严密，脱漏人口较多，这种情况到明代中后期更加严重，各地普遍是“密于田土而疏于户口，故土无不科之税，而册多不占之丁”，隐瞒户丁的现象十分严重。而明代中后期南方商品化、城镇化发展迅速，也导致大量人口脱离了土地和户籍。徐渭曾谈到浙江会稽的人口问题，谓“不丁不籍者奚啻三倍之”。何乔远记述福建的情况，谓“今庶民之家，登册者名为官丁，不登册者名为私丁”。叶春及谈及广东顺德的情形，谓“豪党之家，与吏为市，丁数十而一登政，虽重乎实数十人共之也”。江西南昌的地方志也指出：“按隆庆六年后，户几三十万，口几九十万，此著成丁耳。其未成丁及老病男女，奚啻百万，而每户未报者，总亦不下数十万，流民移户尚不在此数，是几二百余万口也。”
因此，根据地方志中的户口数据估算明代的人口增长率，很容易将北方估计的偏高而将南方估计的偏低。一些根据族谱资料所作的微观历史人口学的研究，尽管尚处于起步阶段，也在一定程度上为估测南方的人口增长率提供了有益的参照。曹树基曾研究过明清时期移民氏族的人口增长问题，样本显示的安徽沿江平原地区以50年为期的人口年平均增长率变化情况是：14011450年为8.7‰，14511500年为10.7‰，15011550年为7.9‰，15511600年为7.6‰，16011650年为6.2‰，若通算14011650年则为8.3‰，15011650年则为7.3‰；湖南长沙地区的情况是：15011550年为12.9‰，15511600年为－0.4‰，16011650年为3.6‰，通算15011650年则为5.3‰。特尔福德（TedA.Telford）对安徽桐城的出生率和人口增长作了研究，人口年平均增长率变化情况是：14941524年为10‰，15251534年为9.4‰，15351544年为7.2‰，15451554年为6.7‰，15551564年为5.2‰，15651574年为8.2‰，15751584年为6.5‰，15851594年为0.9‰，15951604年为－0.3‰，16051614年为1.2‰，16151624年为6.2‰，16251634年为15.3‰，16351644年为16.4‰，通算14941644年则约为7.5‰。从这些数据看，尽管各地区、各宗族的人口增长在长时期中可能会有较大波动，而且总体看来明代中后期人口增长率呈下降趋势，

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